В статье описывается создание плагина с использованием IntelliJ IDEAIDE(Интегрированная среда разработки, англ. Integrated development environment). За более подробной информацией по работе с Eclipse и NetBeans обращайтесь к статье установка Atlassian Plugin SDK.
...
В командной строке перейдите в папку (где располагается pom.xml).
Запустите atlas-run (или atlas-debug если хотите запустить отладчик в IDE).