Вопрос: Как русифицировать почтовое уведомление, отсылаемое пользователям. Например о том, что для них создан аккаунт в системе JIRA. Где находится текст шаблона?

Ответ: Тексты писем находятся в основном ресурсном файле JIRA. См. инструкцию по самостоятельному переводу ресурсного файла: Инструкция по самостоятельному переводу JIRA.