1. В файле C:\Program Files\Atlassian\JIRA 4.1.1\bin\service.bat актуализируем пути к JAVA_HOME, CATALINA_HOME. А конкретно, создаем переменные
окружения (свойства системы->дополнительно->переменные среды),к примеру:

JAVA_HOME = c:\jdk1.6.0_18\
CATALINA_HOME = c:\JIRA\JIRA 4.1\
PATH = %JAVA_HOME%bin;%CATALINA_HOME%bin

2. Создаем службу командой service.bat install SERVICENAME. Это нужно делать в командной строке, находясь в директории CATALINA_HOME\bin:

• Запускаем командную строку
• С помощью cd переходим в папку (C:\Program Files\Atlassian\JIRA\NEW_INSTANCE_NAME\JIRA 4.1.1\bin)
• Запускаем команду: service.bat install SERVICENAME (Внимание! Имя сервиса должно состоять только из букв или цифр, без других символов и пробелов, например: JIRATEAMLEAD или JIRA0023)

3. Удаление сервиса: service.bat remove SERVICENAME