Что резервируем?
  1. Данные из базы (или саму базу). В базе данных JIRA (HSQL, MySQL, PostgreeSQL и т.д.) хранятся пользователи, запросы, схемы и общие настройки системы.
  2. Пользовательские данные (папка JIRA-4.2.2\Home). В ней живут файлы, вложенные в запросы, аватары проектов и пользователей, логи и пр.
  3. Кастомизация системы (измененные jsp-шаблоны, хитрые хаки, троянские кони, и прочая полезная и бесполезная ересь, живущая в директории JIRA-4.2.2\Install\atlassian-jira)
Резервирование данных базы
Резервирование пользовательских данных
  1. Останавливаем сервис JIRA
  2. Копируем папку JIRA-4.2.2\Home
Резервирование кастомных настроек системы
  1. Останавливаем сервис JIRA
  2. Копируем папку JIRA-4.2.2\Install\atlassian-jira

Смотри так же: Создание сервиса Windows для полного резервного копирования JIRA.