Вариант 1 (рекомендуется):

  1. Заходим в файл jpm.xml и устанавливаем false параметру jira.option.allowcookies.
  2. Рестарт JIRA.

Вариант 2:

  1. Редактируем файл atlassian-jira/includes/loginform.jsp.
  2. Рестарт JIRA.